TBI 生 物 資 訊 學 核 心 整 合 計 畫 教 育 課 程

Phylogenetic Analysis Workshop

分子演化分析研習會

主辦單位 國家衛生研究院
合辦單位 基因體醫學國家型科技計畫

blueball 課 程 簡 介

TBI 生 物 資 訊 學 核 心 整 合 計 畫 為 基 因 體 醫 學 國 家 型 科 技 計 畫 所 支 持 ,由 國 家 衛 生 研 究 院 研 究 資 源 處 執 行 , 以 提 供 並 推 廣 各 項 生 物 資 訊 服 務 為 宗 旨。為 普 及 分 子 演 化 分 析 工 具 之 使 用,本 計 畫 特 開 設 分 子 演 化 分 析 研 習 課 程。

自 基 因 體 定 序 計 畫 陸 續 進 行 後 , 以 不 同 物 種 的 同 一 基 因 序 列 分 析 而 定 出 各 物 種 間 之 演 化 關 係 的 分 子 演 化 分 析 , 越 來 越 受 到 不 同 領 域 的 研 究 人 員 的 重 視 。 這 類 演 化 分 析 除 程 式 的 實 際 操 作 之 外 , 若 能 了 解 其 分 析 理 論 基 礎 , 可 增 加 分 析 結 果 之 正 確 性 及 可 信 度 。

本 課 程 主 要 講 解 分 子 演 化 分 析 基 本 理 論、介 紹 常 用 之 分 子 演 化 分 析 軟 體, 並 配 合 電 腦 上 機 操 作,俾 使 學 員 對 分 子 演 化 分 析 能 有 更 進 一 步 的 了 解 。

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blueball 課 程 時 間


時  間: 九十三年 十月二十一日 、 二十二日 (週四、五) 共 二 日
地  點: 中 研 院 生 圖 電 腦 教 室
      北 市 研 究 院 路 二 段 128 號 [地圖]
上課人數: 40 人

blueball 課 程 內 容

講 員 : 劉信孚  博士

馬偕紀念醫院 醫學研究科 副研究員

時   間 課 程 內 容
十月二十一日
9:00 - 10:30

Introduction to Molecular Evolution and Phylogenetic Analysis

Phylogenetic Analysis Methods
Theoretical background of different phylogenetic methods,
Nucleotide substitution models

10:45 - 12:00 Phylogenetic Analysis Methods
Distance matrix methods
Lunch break
13:30 - 15:00 Computer Lab
Phylip home page, Genedoc, BioEdit
Phylogenetic analysis programs (PHYLIP): distance matrix methods
15:15 - 17:00 Phylogenetic Analysis Methods
Discrete character methods (Parsimony method, Maximum likelihood method)
Computer Lab
PHYLIP: Parsimony and ML methods
十月二十二日
9:00 - 10:30

Statistical Test for Phylogenetic Trees

Computer Lab
PHYLIP: bootstrap analysis

10:45 - 12:00

The Other Phylogenetic Analysis Methods
Quartet puzzling method, Likelihood mapping analysis

Examples of Applications Using Phylogenetic Analysis

Lunch break
13:30 - 16:00

Detecting Recombination in Viral Sequences
Simplot

Computer Lab
TREE-PUZZLE, Fast-dnaml, MacClade, …etc.
Free practice and trouble shooting.


blueball報 名 方 式 及 注 意 事 項

  1. 一 律 線 上 報 名 ,報 名 網 頁 請 見 http://infoserv.nhri.org.tw/apply_form.asp93 年 10 月 15 日 或 額 滿 報 名 截 止 。由 於 座 位 有 限 , 如 報 名 人 數 過 多 , 本 院 保 留 篩 選 學 員 之 權 利 。

  2. 報 名 請 填 寫 線 上 報 名 表 。

  3. 上 課 前 可 參 考 課 程 資 料 簡 介 , 上 課 時 您 可 以 帶 自 己 經 過 align 好 的 多 條 序 列 (如 使 用 GCG 的 PileUp 程 式 、 EMBOSS 的 emma 程 式 等 ) 在 課 堂 上 試 做 分 子 演 化 分 析 。

  4. 上 課 名 單 將 於 課 程 開 始 前 一 週 公 布 於 本 網 頁 , 由 於 繳 費 及 報 名 確 認 皆 以 e-mail 通 知 , 請 務 必 提 供 正 確 的 e-mail, 謝 謝!

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Last updated 2004/10/06