!!AA_SCORING_MATRIX_RECT 1.0

BLOSUM62 amino acid substitution matrix.

Reference: Henikoff, S. and Henikoff, J. G. (1992). Amino acid
           substitution matrices from protein blocks.  Proc. Natl. Acad.
           Sci. USA 89: 10915-10919.

                     February 20, 1996 14:33   ..

{
GAP_CREATE 8
GAP_EXTEND 2
}

      A    B    C    D    E     F    G    H    I    K     L    M    N    P    Q     R    S    T    V    W     X    Y    Z 
A     4   -2    0   -2   -1    -2    0   -2   -1   -1    -1   -1   -2   -1   -1    -1    1    0    0   -3    -1   -2   -1 
B    -2    6   -3    6    2    -3   -1   -1   -3   -1    -4   -3    1   -1    0    -2    0   -1   -3   -4    -1   -3    2 
C     0   -3    9   -3   -4    -2   -3   -3   -1   -3    -1   -1   -3   -3   -3    -3   -1   -1   -1   -2    -1   -2   -4 
D    -2    6   -3    6    2    -3   -1   -1   -3   -1    -4   -3    1   -1    0    -2    0   -1   -3   -4    -1   -3    2 
E    -1    2   -4    2    5    -3   -2    0   -3    1    -3   -2    0   -1    2     0    0   -1   -2   -3    -1   -2    5 

F    -2   -3   -2   -3   -3     6   -3   -1    0   -3     0    0   -3   -4   -3    -3   -2   -2   -1    1    -1    3   -3 
G     0   -1   -3   -1   -2    -3    6   -2   -4   -2    -4   -3    0   -2   -2    -2    0   -2   -3   -2    -1   -3   -2 
H    -2   -1   -3   -1    0    -1   -2    8   -3   -1    -3   -2    1   -2    0     0   -1   -2   -3   -2    -1    2    0 
I    -1   -3   -1   -3   -3     0   -4   -3    4   -3     2    1   -3   -3   -3    -3   -2   -1    3   -3    -1   -1   -3 
K    -1   -1   -3   -1    1    -3   -2   -1   -3    5    -2   -1    0   -1    1     2    0   -1   -2   -3    -1   -2    1 

L    -1   -4   -1   -4   -3     0   -4   -3    2   -2     4    2   -3   -3   -2    -2   -2   -1    1   -2    -1   -1   -3 
M    -1   -3   -1   -3   -2     0   -3   -2    1   -1     2    5   -2   -2    0    -1   -1   -1    1   -1    -1   -1   -2 
N    -2    1   -3    1    0    -3    0    1   -3    0    -3   -2    6   -2    0     0    1    0   -3   -4    -1   -2    0 
P    -1   -1   -3   -1   -1    -4   -2   -2   -3   -1    -3   -2   -2    7   -1    -2   -1   -1   -2   -4    -1   -3   -1 
Q    -1    0   -3    0    2    -3   -2    0   -3    1    -2    0    0   -1    5     1    0   -1   -2   -2    -1   -1    2 

R    -1   -2   -3   -2    0    -3   -2    0   -3    2    -2   -1    0   -2    1     5   -1   -1   -3   -3    -1   -2    0 
S     1    0   -1    0    0    -2    0   -1   -2    0    -2   -1    1   -1    0    -1    4    1   -2   -3    -1   -2    0 
T     0   -1   -1   -1   -1    -2   -2   -2   -1   -1    -1   -1    0   -1   -1    -1    1    5    0   -2    -1   -2   -1 
V     0   -3   -1   -3   -2    -1   -3   -3    3   -2     1    1   -3   -2   -2    -3   -2    0    4   -3    -1   -1   -2 
W    -3   -4   -2   -4   -3     1   -2   -2   -3   -3    -2   -1   -4   -4   -2    -3   -3   -2   -3   11    -1    2   -3 

X    -1   -1   -1   -1   -1    -1   -1   -1   -1   -1    -1   -1   -1   -1   -1    -1   -1   -1   -1   -1    -1   -1   -1 
Y    -2   -3   -2   -3   -2     3   -3    2   -1   -2    -1   -1   -2   -3   -1    -2   -2   -2   -1    2    -1    7   -2 
Z    -1    2   -4    2    5    -3   -2    0   -3    1    -3   -2    0   -1    2     0    0   -1   -2   -3    -1   -2    5