!!AA_SCORING_MATRIX_RECT 1.0

PAM250 amino acid substitution matrix.

                     February 20, 1996 14:55   ..

{
GAP_CREATE 12
GAP_EXTEND 4
}

      A    B    C    D    E     F    G    H    I    K     L    M    N    P    Q     R    S    T    V    W     Y    Z 
A     2    0   -2    0    0    -4    1   -1   -1   -1    -2   -1    0    1    0    -2    1    1    0   -6    -3    0 
B     0    2   -4    3    2    -5    0    1   -2    1    -3   -2    2   -1    1    -1    0    0   -2   -5    -3    2 
C    -2   -4   12   -5   -5    -4   -3   -3   -2   -5    -6   -5   -4   -3   -5    -4    0   -2   -2   -8     0   -5 
D     0    3   -5    4    3    -6    1    1   -2    0    -4   -3    2   -1    2    -1    0    0   -2   -7    -4    3 
E     0    2   -5    3    4    -5    0    1   -2    0    -3   -2    1   -1    2    -1    0    0   -2   -7    -4    3 

F    -4   -5   -4   -6   -5     9   -5   -2    1   -5     2    0   -4   -5   -5    -4   -3   -3   -1    0     7   -5 
G     1    0   -3    1    0    -5    5   -2   -3   -2    -4   -3    0   -1   -1    -3    1    0   -1   -7    -5   -1 
H    -1    1   -3    1    1    -2   -2    6   -2    0    -2   -2    2    0    3     2   -1   -1   -2   -3     0    2 
I    -1   -2   -2   -2   -2     1   -3   -2    5   -2     2    2   -2   -2   -2    -2   -1    0    4   -5    -1   -2 
K    -1    1   -5    0    0    -5   -2    0   -2    5    -3    0    1   -1    1     3    0    0   -2   -3    -4    0 

L    -2   -3   -6   -4   -3     2   -4   -2    2   -3     6    4   -3   -3   -2    -3   -3   -2    2   -2    -1   -3 
M    -1   -2   -5   -3   -2     0   -3   -2    2    0     4    6   -2   -2   -1     0   -2   -1    2   -4    -2   -2 
N     0    2   -4    2    1    -4    0    2   -2    1    -3   -2    2   -1    1     0    1    0   -2   -4    -2    1 
P     1   -1   -3   -1   -1    -5   -1    0   -2   -1    -3   -2   -1    6    0     0    1    0   -1   -6    -5    0 
Q     0    1   -5    2    2    -5   -1    3   -2    1    -2   -1    1    0    4     1   -1   -1   -2   -5    -4    3 

R    -2   -1   -4   -1   -1    -4   -3    2   -2    3    -3    0    0    0    1     6    0   -1   -2    2    -4    0 
S     1    0    0    0    0    -3    1   -1   -1    0    -3   -2    1    1   -1     0    2    1   -1   -2    -3    0 
T     1    0   -2    0    0    -3    0   -1    0    0    -2   -1    0    0   -1    -1    1    3    0   -5    -3   -1 
V     0   -2   -2   -2   -2    -1   -1   -2    4   -2     2    2   -2   -1   -2    -2   -1    0    4   -6    -2   -2 
W    -6   -5   -8   -7   -7     0   -7   -3   -5   -3    -2   -4   -4   -6   -5     2   -2   -5   -6   17     0   -6 

Y    -3   -3    0   -4   -4     7   -5    0   -1   -4    -1   -2   -2   -5   -4    -4   -3   -3   -2    0    10   -4 
Z     0    2   -5    3    3    -5   -1    2   -2    0    -3   -2    1    0    3     0    0   -1   -2   -6    -4    3