!!AA_SCORING_MATRIX_RECT 1.0

PAM120 amino acid substitution matrix.

                     February 20, 1996 14:55   ..

{
GAP_CREATE 11
GAP_EXTEND 4
}

      A    B    C    D    E     F    G    H    I    K     L    M    N    P    Q     R    S    T    V    W     X    Y    Z    * 
A     3    0   -3    0    0    -4    1   -3   -1   -2    -3   -2   -1    1   -1    -3    1    1    0   -7    -1   -4   -1   -8 
B     0    4   -6    4    3    -5    0    1   -3    0    -4   -4    3   -2    0    -2    0    0   -3   -6    -1   -3    2   -8 
C    -3   -6    9   -7   -7    -6   -4   -4   -3   -7    -7   -6   -5   -4   -7    -4    0   -3   -3   -8    -4   -1   -7   -8 
D     0    4   -7    5    3    -7    0    0   -3   -1    -5   -4    2   -3    1    -3    0   -1   -3   -8    -2   -5    3   -8 
E     0    3   -7    3    5    -7   -1   -1   -3   -1    -4   -3    1   -2    2    -3   -1   -2   -3   -8    -1   -5    4   -8 

F    -4   -5   -6   -7   -7     8   -5   -3    0   -7     0   -1   -4   -5   -6    -5   -3   -4   -3   -1    -3    4   -6   -8 
G     1    0   -4    0   -1    -5    5   -4   -4   -3    -5   -4    0   -2   -3    -4    1   -1   -2   -8    -2   -6   -2   -8 
H    -3    1   -4    0   -1    -3   -4    7   -4   -2    -3   -4    2   -1    3     1   -2   -3   -3   -3    -2   -1    1   -8 
I    -1   -3   -3   -3   -3     0   -4   -4    6   -3     1    1   -2   -3   -3    -2   -2    0    3   -6    -1   -2   -3   -8 
K    -2    0   -7   -1   -1    -7   -3   -2   -3    5    -4    0    1   -2    0     2   -1   -1   -4   -5    -2   -5   -1   -8 

L    -3   -4   -7   -5   -4     0   -5   -3    1   -4     5    3   -4   -3   -2    -4   -4   -3    1   -3    -2   -2   -3   -8 
M    -2   -4   -6   -4   -3    -1   -4   -4    1    0     3    8   -3   -3   -1    -1   -2   -1    1   -6    -2   -4   -2   -8 
N    -1    3   -5    2    1    -4    0    2   -2    1    -4   -3    4   -2    0    -1    1    0   -3   -4    -1   -2    0   -8 
P     1   -2   -4   -3   -2    -5   -2   -1   -3   -2    -3   -3   -2    6    0    -1    1   -1   -2   -7    -2   -6   -1   -8 
Q    -1    0   -7    1    2    -6   -3    3   -3    0    -2   -1    0    0    6     1   -2   -2   -3   -6    -1   -5    4   -8 

R    -3   -2   -4   -3   -3    -5   -4    1   -2    2    -4   -1   -1   -1    1     6   -1   -2   -3    1    -2   -5   -1   -8 
S     1    0    0    0   -1    -3    1   -2   -2   -1    -4   -2    1    1   -2    -1    3    2   -2   -2    -1   -3   -1   -8 
T     1    0   -3   -1   -2    -4   -1   -3    0   -1    -3   -1    0   -1   -2    -2    2    4    0   -6    -1   -3   -2   -8 
V     0   -3   -3   -3   -3    -3   -2   -3    3   -4     1    1   -3   -2   -3    -3   -2    0    5   -8    -1   -3   -3   -8 
W    -7   -6   -8   -8   -8    -1   -8   -3   -6   -5    -3   -6   -4   -7   -6     1   -2   -6   -8   12    -5   -2   -7   -8 

X    -1   -1   -4   -2   -1    -3   -2   -2   -1   -2    -2   -2   -1   -2   -1    -2   -1   -1   -1   -5    -2   -3   -1   -8 
Y    -4   -3   -1   -5   -5     4   -6   -1   -2   -5    -2   -4   -2   -6   -5    -5   -3   -3   -3   -2    -3    8   -5   -8 
Z    -1    2   -7    3    4    -6   -2    1   -3   -1    -3   -2    0   -1    4    -1   -1   -2   -3   -7    -1   -5    4   -8 
*    -8   -8   -8   -8   -8    -8   -8   -8   -8   -8    -8   -8   -8   -8   -8    -8   -8   -8   -8   -8    -8   -8   -8    1