!!AA_SCORING_MATRIX_RECT 1.0

BLOSUM40 amino acid substitution matrix.

                     February 20, 1996 14:54   ..

{
GAP_CREATE 15
GAP_EXTEND 5
}

      A    B    C    D    E     F    G    H    I    K     L    M    N    P    Q     R    S    T    V    W     X    Y    Z    * 
A     5   -1   -2   -1   -1    -3    1   -2   -1   -1    -2   -1   -1   -2    0    -2    1    0    0   -3     0   -2   -1   -6 
B    -1    5   -2    6    1    -3   -1    0   -3    0    -3   -3    4   -2    0    -1    0    0   -3   -4    -1   -3    2   -6 
C    -2   -2   16   -2   -2    -2   -3   -4   -4   -3    -2   -3   -2   -5   -4    -3   -1   -1   -2   -6    -2   -4   -3   -6 
D    -1    6   -2    9    2    -4   -2    0   -4    0    -3   -3    2   -2   -1    -1    0   -1   -3   -5    -1   -3    1   -6 
E    -1    1   -2    2    7    -3   -3    0   -4    1    -2   -2   -1    0    2    -1    0   -1   -3   -2    -1   -2    5   -6 

F    -3   -3   -2   -4   -3     9   -3   -2    1   -3     2    0   -3   -4   -4    -2   -2   -1    0    1    -1    4   -4   -6 
G     1   -1   -3   -2   -3    -3    8   -2   -4   -2    -4   -2    0   -1   -2    -3    0   -2   -4   -2    -1   -3   -2   -6 
H    -2    0   -4    0    0    -2   -2   13   -3   -1    -2    1    1   -2    0     0   -1   -2   -4   -5    -1    2    0   -6 
I    -1   -3   -4   -4   -4     1   -4   -3    6   -3     2    1   -2   -2   -3    -3   -2   -1    4   -3    -1    0   -4   -6 
K    -1    0   -3    0    1    -3   -2   -1   -3    6    -2   -1    0   -1    1     3    0    0   -2   -2    -1   -1    1   -6 

L    -2   -3   -2   -3   -2     2   -4   -2    2   -2     6    3   -3   -4   -2    -2   -3   -1    2   -1    -1    0   -2   -6 
M    -1   -3   -3   -3   -2     0   -2    1    1   -1     3    7   -2   -2   -1    -1   -2   -1    1   -2     0    1   -2   -6 
N    -1    4   -2    2   -1    -3    0    1   -2    0    -3   -2    8   -2    1     0    1    0   -3   -4    -1   -2    0   -6 
P    -2   -2   -5   -2    0    -4   -1   -2   -2   -1    -4   -2   -2   11   -2    -3   -1    0   -3   -4    -2   -3   -1   -6 
Q     0    0   -4   -1    2    -4   -2    0   -3    1    -2   -1    1   -2    8     2    1   -1   -3   -1    -1   -1    4   -6 

R    -2   -1   -3   -1   -1    -2   -3    0   -3    3    -2   -1    0   -3    2     9   -1   -2   -2   -2    -1   -1    0   -6 
S     1    0   -1    0    0    -2    0   -1   -2    0    -3   -2    1   -1    1    -1    5    2   -1   -5     0   -2    0   -6 
T     0    0   -1   -1   -1    -1   -2   -2   -1    0    -1   -1    0    0   -1    -2    2    6    1   -4     0   -1   -1   -6 
V     0   -3   -2   -3   -3     0   -4   -4    4   -2     2    1   -3   -3   -3    -2   -1    1    5   -3    -1   -1   -3   -6 
W    -3   -4   -6   -5   -2     1   -2   -5   -3   -2    -1   -2   -4   -4   -1    -2   -5   -4   -3   19    -2    3   -2   -6 

X     0   -1   -2   -1   -1    -1   -1   -1   -1   -1    -1    0   -1   -2   -1    -1    0    0   -1   -2    -1   -1   -1   -6 
Y    -2   -3   -4   -3   -2     4   -3    2    0   -1     0    1   -2   -3   -1    -1   -2   -1   -1    3    -1    9   -2   -6 
Z    -1    2   -3    1    5    -4   -2    0   -4    1    -2   -2    0   -1    4     0    0   -1   -3   -2    -1   -2    5   -6 
*    -6   -6   -6   -6   -6    -6   -6   -6   -6   -6    -6   -6   -6   -6   -6    -6   -6   -6   -6   -6    -6   -6   -6    1