Finding restriction enzyme map |
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| JEMBOSS 的 Remap 程式可用來尋找核酸序列上的限制酵素 (restriction enzyme) 圖譜。 |
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進入Remap程式 |
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輸入序列 |
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From database：在 sequence filename 的欄位中輸入資料庫及序列名稱
(或序列的 accession number)，可直接由資料庫中叫出序列 (如 embl:eclac)。 |
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Copy/paste：將已有序列 copy/paste 輸入。 |
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From local file：將已儲存於個人電腦中的序列檔案，利用拖曳的方式，
由右方的 file manager 中拉到 sequence filename 的欄位內。 |
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選擇 restriction enzyme |
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在 Comma separated enzyme list 的欄位裡輸入 restriction enzyme 的名稱，請使用小寫字母，且須將羅馬數字 I, II, III 以小寫 i, ii, iii 表示，兩個 restriction enzyme 名稱之間以逗號做區分，不需加入空白鍵。 |
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例：尋找 ECLAC (E.coli lactose operon with lacI, lacZ, lacY and lacA genes) 所有切位，則在 Comma separated enzyme list 的欄位輸入 all；如在Comma separated enzyme list 的欄位輸入 taqi, acii, fati, bse1i ，則可只尋找這四個限制酵素的切位。 |
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設定參數 |
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以滑鼠指標移到參數標題的黑體字上，可檢視參數的說明，然後依需要設定。 |
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選擇Display方式 |
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Remap預設的 display方式是在序列切點上方標示 restriction enzyme，並在 DNA 序列下方列出對應的蛋白質序列。可依需要勾選或刪除 display的選項。 |
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設定advanced options |
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點選 Advanced Options，頁面往下拉，出現"force single site only cuts", "allow blunt end cutters"等多種選項，可依實驗所需勾選合適的項目。其中也包括 codon table 選項，如果選擇 display translation，此時可依序列來源不同選擇適當的 amino acid 編碼方式，以轉譯出正確的蛋白質序列。 |
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按 GO 執行 。 |
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例:ECLAC所有酵素 (all) 與 TaqI,AciI,FatI,Bse1I四種酵素切點結果: |
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